1991年12月28日はウクライナの日本による国家承認日である。1992年1月26日二国間外交関係が開設された。

在日ウクライナ大使館は1994年4月に登録され、開館式は1995年3月23日に行われた。開館式には当時ウドヴェンコ・ウクライナ外務大臣が参加した。

歴代在日ウクライナ大使：ミハイロ・ダシケヴィチ（1995年1月～1999年10月）、ユリー・コステンコ（2001年3月～2006年5月）、ヴォロディミル・マクハ（2006年6月～2006年8月）。2007年2月16日、ミコラ・クリニチは駐日ウクライーナ大使として任命され、2007年4月23日天皇陛下に信任状を捧呈した。

2013年から2020年8月にかけてイーホル・ハルチェンコは駐日ウクライナ特命全権大使となっていた。

2020年4月14日、大統領令No.142/ 2020により、セルギー・コルスンスキーが駐日ウクライナ特命全権大使に任命された。